各種中草藥因所含化學成分的不同而反映出拉曼光譜的差異，拉曼光譜在中草藥研究中的應用包括：

　　（1）中草藥化學成分分析

　　薄層色譜(TLC)能對中草藥進行有效分離但無法獲得各組份化合物的結構信息，而表面增強拉曼光譜(SERS)具有峰形窄、靈敏度高、選擇性好的優點，可對中草藥化學成分進行高靈敏度的檢測。利用TLC的分離技術和SERS的指紋性鑒定結合，是一種在TLC原位分析中草藥成分的新方法。

　　（2）中草藥的無損鑒別

　　由于拉曼光譜分析，無需破壞樣品，因此能對中草藥樣品進行無損鑒別，這對名貴中中草藥的研究特別重要。

　　（3）中草藥的穩定性研究

　　利用拉曼光譜動態跟蹤中草藥的變質過程，這對中草藥的穩定性預測、監控藥材的質量具有直接的指導作用。

　　（4）中藥的優化

　　對于中草藥及中成藥和復方這一復雜的混合物體系，不需任何成分分離提取直接與細菌和細胞作用，利用拉曼光譜無損采集細菌和細胞的光譜圖，觀察細菌和細胞的損傷程度，研究其藥理作用，并進行中藥材、中成藥和方劑的優化研究。